معاونت تحقیقات و فناوری دانشکده علوم پزشکی که پیش ازاین با نام معاونت پژوهش و فناوری شناخته میشد از ابتدای تشکیل دانشکده به صورت ادغام یافته با واحد آموزش توسط معاونت آموزشی اداره می شد و به دلیل حساسیت رؤسای دانشکده در جهت پیشبرد هرچه بیشتر سطح علمی دانشکده به صورت معاونت مستقل  از تاریخ  4/ 1391 رسما شروع به کار کرد. از بدو شروع  به کار دانشکده فعالیت های علمی- تحقیقاتی، کارگاه های پژوهشی، شرکت در کنگره های داخلی و خارجی و چاپ مقالات متعدد در نشریات معتبر بین المللی و داخلی از جمله عملکرد معاونت پژوهشی بوده که بعد از احراز استقلال  روند موارد فوق سریعتر نیز شده است. از جمله افتخارات پژوهشی طی ماه های شروع به کار تشکیل شورای پژوهشی ، کمیته اخلاق ، واحد علم سنجی و در مدت کوتاهی داوری و یا تصویب چندین طرح پژوهشی و در کل ایجاد انگیزه نزد محققین برای تلاش بیشتر در راستای امر تحقیقات و فناوری را می توان ذکر کرد.